هو السلطة المسئولة عن شئون المجلس، وتصريف أموره، وإدارة الأعمال والأنشطة التي يتولاها، وله أن يتخذ ما يراه لازمًا من قرارات لتحقيق أغراضه، وله علي الأخص ما يأتي : 

1- تنفيذ السياسات العامة والخطط الرئيسية التي يقرها مجلس الأمناء.

٢- وضع معايير وإجراءات وقواعد الاختبارات المؤهلة للحصول على ترخيص مزاولة المهن الطبية، والبورد المصري والإشراف عليهما، وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة، واعتمادها، وذلك كله وفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية.

٣- اعتماد البرامج العلميـة والتدريبية المهنيـة والتخصصية الصحيـة العليا لمرحلة ما بعد التعليم الجامعي، واعتماد الشهادات المهنية لمن يجتاز هذه البرامج في فروع العمل الصحي الطبي المختلفة من جهات التدريب المعنية المعتمدة من المجلس.

٤- تبادل الاعتراف بالشهادات المهنية التي يعتمدها المجلس مع نظائره بالجهات المختلفة المحلية والدولية.

٥- وضع مواصفات ومعايير للمؤسسات الطبية التي تملك مقومات التدريب لمرحلة ما بعد التعليم الجامعي في المجالات الصحية بتخصصاتها المختلفة، ومتابعة وتقييم ممارستها الصحية وفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية.

٦- اعتماد القواعد المنظمة ومواصفات وشروط أماكن التدريب واعتماد المشرفين.

٧-وضع نظم المراقبة الدورية لجودة التعليم المهني والتدريب السريري بالمؤسسات المعتمدة وفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية.

٨- وضع المعايير والاشتراطات الخاصة بالمدربين، ومراقبة تنفيذها وفقًا لمـا تحدده اللائحـة التنفـيذية.

٩- وضع المعايير لمحتوي التدريب الصحي التخصصي على مختلف مستويات المهن الصحية، ولكل التخصصات الصحية وفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية.

١٠- وضع معايير تقييم العاملين بالتخصصات الصحية المختلفة، للتأكد من استيفائهم التدريب الملائم وفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية.

١١- وضع المعايير اللازمة لتطبيق المواثيق الأخلاقية المهنية، لتحقيق الممارسة الصحية الآمنة، والعمل على مراقبتها، وذلك بالتنسيق مع وزارة الصحة والسكان، والمجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية، وإدارة الخدمات الطبية بالقوات المسلحة ووفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية.

١٢- التعـاقد مع الجهـات المحليـة المختصـة بتحديث نظـام الـتدريب والتقييـم، وكذا الجهات الأجنبية المماثلة في ضوء القواعد التي يعتمدها مجلس الأمناء.

١٣- إنشاء سجلات للعاملين بالقطـاع الصحي العام والخاص وفقًا لمـا تحدده اللائحـة التنفـيذية.

١٤- العمل على إنشاء سجلات قومية للأمراض والتدخلات الطبية وفقًا لمـا تحدده اللائحـة التنفـيذية.

١٥- اعتماد الهيكل التنظيمي للمجلس وجداول الوظائف به.

١٦- اقتراح اللوائح المـالية والإدارية والفنية للمجلس ولوائح شئون العاملين والتعـاقدات والمشـتريات، وغيرها من النظــم الداخليــة دون التقـيد بالقوانين أو اللـوائح أو القرارات المعمول بها في الجهاز الإداري للدولة أو في أي جهة أخري.

١٧- وضع مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي للمجلس وعرضهما على مجلس الأمناء.

١٨- قبول الهبات، والتبرعات، والإعانات، والمنح في ضوء القواعد والقرارات التي يصدرها مجلس الأمناء وبما لا يتعارض مع أغراض المجلس.

١٩- تشكيل لجان علمية ولجان متخصصة للسجلات الطبية القومية للأمراض والأوبئة المختلفة، ولجان للتقييم والمراجعة الداخلية، وللقوي البشرية، وللأخلاقيات الطبية، ولرعاية حقوق أعضاء المهن الصحية، وللدلائل الإرشادية للتدخلات الطبية، وللتطوير المهني، وللاختبارات، وفقًا لمـا تحدده اللائحة التنفيذية.

٢٠- النـظـر في كل ما يـري مجـلـس الأمنــاء أهميـة عـرضه عـلي مجلـس الإدارة من موضوعات أخري تحقق أهداف المجلس.