يهدف المجلس إلي تنظيم مجالات الصحة في مصر في نواحي التعليم ما بعد الجامعي، التدريب التخصصي، التأهيل وتطوير المستوي العلمي والسريري للأطباء، والعاملين في مختلف المجالات الصحية، وله علي الأخص:
( أ) تطوير مستوي التدريب الطبي والصحي للأطباء والعاملين في مختلف التخصصات الطبية ولخريجي الكليات الطبية والصحية ، واختبارهم للتحقق مـن اســتيفائهم للتــأهيل الـكـافي للممــارسة الطبيـــة والصحيــة الآمنــة ، لضمان تحسين الخدمات الصحية في جمهورية مصر العربية ، وفقًا للسياسة الصحية والطبية العامة للدولة .
(ب) تحقيق التكامل والتعاون في مجال التدريب الصحي بين المجلس والهيئات والمجالس العلمية المختلفة في مجالات التخصصات ذاتها داخل جمهورية مصر العربية وخارجها، لتحقيق المعايير الدولية للممارسة الصحية الآمنة، ولمسايرة المجلس للتقدم العلمي.
1. الامتحان القومي لمزاولة المهنة. وضع معايير وإجراءات وقواعد الاختبارات المؤهلة للحصول على ترخيص مزاولة المهن الطبية، والبورد المصري والإشراف عليهما، وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة، واعتمادها.
2. البورد المصري. يمنح المجلس شهادة معتمدة تسمي "البورد المصري" لجميع خريجي كليات القطاع الصحي بعد اجتياز البرنامج التدريبي والاختبار الموحد لكل تخصص من التخصصات الصحية الخاضعة لأحكام هذا القانون.
3. التطوير المهني المستمر CPD. اعتماد البرامج العلمية والتدريبية المهنية والتخصصية الصحية العليا لمرحلة ما بعد التعليم الجامعي، واعتماد الشهادات المهنية لمن يجتاز هذه البرامج في فروع العمل الصحي الطبي المختلفة من جهات التدريب المعنية المعتمدة من المجلس.
4. انشاء سجلات للعاملين بالقطاع لصحي العام والخاص.
5. انشاء سجلات قومية للأمراض والتدخلات الطبية.
6. الدلائل الإرشادية.
7. معايير تطبيق المواثيق الأخلاقية المهنية. وضع المعايير اللازمة لتطبيق المواثيق الأخلاقية المهنية، لتحقيق الممارسة الصحية الآمنة، والعمل على مراقبتها، وذلك بالتنسيق مع وزارة الصحة، والمجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية، وإدارة الخدمات الطبية بالقوات المسلحة.
جميع خريجي كليات القطاع الصحي وهي كليات الطب البشري، والأسنان، والصيدلة، والعلاج الطبيعي، والتمريض، والطب البيطري، وغيرها من التخصصات الصحية الأخرى التي يصدر بها قرار من رئيس مجلس الوزراء
شهادة البورد المصري هى شهادة مهنية يتدرب الطبيب فيها على تخصص محدد، ويدخل الطبيب البرنامج خلال 5 سنوات، جزء منه إجباري فى الجامعات، وجزء فى مستشفيات الصحة أو الجيش أو المستشفيات المعتمدة من الهيئة، وبالتالي يحصل كل طبيب على نفس الدرجة من التدريب ويكون بنفس الكفاءة عندما يحصل على البورد.
التدريب ينقسم إلى قسمين، أولاً البنية التحتية وهي المكان الذى سيتم التدريب فيه، من حيث توافر إشتراطات معينة من عيادات خارجية، وغرف عمليات، ورعاية مركزة، وأجهزة فحوصات، بحيث يستطيع الطبيب القيام بمهام التدريب الأساسي، ولذا خاطبنا الجهات المختلفة لإرسال الإمكانيات الموجودة لديها حتى نقيم البنية التحتية وهل استوفت الشروط أم لا، والمتوقع أن معظم المستشفيات الجامعية تكون مؤهلة للتدريب، ثم المستشفيات التعليمية بوزارة الصحة، وأى مستشفى يستوفي المعايير سيدخل تلقائيا.
من يدرب الطالب لا علاقة له بالإمتحان، لأنه سيكون إمتحانا مركزيا بواسطة لجنة بالهيئة، ووضع الإمتحان سيتم من خلال «بنك أسئلة» وليس بواسطة شخص معين، وبالتالي المدرب ليس له علاقة بالإمتحان، هو فقط يدرب الطالب على مهارات معينة حتى يكون الطالب مؤهلا لدخول الإمتحان النهائي الذى وضعته اللجنة المركزية من الهيئة على مستوى الجمهورية.
الإمتحان سيكون على المستوى القومي وفى نفس التوقيت لجميع الطلاب فى أماكن مجهزة للإمتحان، وعقب إجتياز الإمتحان يستطيع الطالب الحصول على ترخيص مزاولة المهنة.